哈尔滨工程大学隶属于国家工信部，是“国防七校”、“东北五校”之一，以“三海一核”为办学特色，是我国“三海一核”领域最大的高层次人才培养基地和重要的科学研究基地。学校现设有20个学院、40多个科研机构以及150多个科研和教学实验室，其中国家级重点实验室2个，国防重点学科实验室2个，教育部重点实验室及工程研究中心5个，国家级学科创新引智基地3个，国家工程实验室1个，国家级电工电子教学基地1个。学校现有教职工3083人，教师中有“两院”院士8人（含双聘6人），享受政府特殊津贴专家103人，国家级有突出贡献中青年专家4人，“111 计划”基地3个，教育部创新团队2个，国防科技创新团队6个。 现有一级学科博士点12个，一级学科硕士点27个，本科招生专业55个，博士后科研流动站12个，博士后科研工作站2个。一级学科国家重点学科1个、二级学科国家重点学科1个，国防特色学科11个、国防特色专业7个。

水声技术国防科技重点实验室、水下机器人技术国防科技重点实验室、核安全与仿真技术国防重点学科实验室、多体船技术国防重点学科实验室、超轻材料与表面技术教育部重点实验室、纤维集成光学教育部重点实验室。另建有省级重点实验室6个。

1、与南通市合作：
哈尔滨工程大学与如皋市政府共建的哈尔滨工程大学如皋研究院在如皋科技服务示范园正式成立（2013年12月）。
2、与镇江市合作：
哈尔滨工程大学与京口区政府签订全面产学研合作，建立《哈尔滨工程大学镇江技术转移中心》，与江苏科捷锂电池有限公司签订全面产学研合作协议（2014年）。
3、与江苏沙钢钢铁研究院、张家港市华机环保新能源科技有限公司等企业签订了产学研合作协议。